Devenus trop nombreux pour se réunir dans des maisons particulières, les protestants rochelais obtiennent en 1561 l’autorisation d’utiliser les églises Saint-Sauveur et Saint-Barthélemy comme lieux de culte. Par un accord avec les catholiques, « lorsque les uns sortaient, les autres y entraient » et les choses se passaient « en grande paix ».

Cette situation dure peu de temps : quelques semaines seulement en 1561 et en 1562. Il faut attendre l’édit d’Amboise (19 mai 1563) pour qu’un édit du roi autorise les protestants à s’assembler ouvertement dans les salles Saint-Michel et Gargoulleau.

En 1568, le maire François Pontard oblige les Rochelais à rallier le parti de Louis de Condé, la ville est mise en état de défense, les églises sont démolies et leurs pierres employées à renforcer les remparts. Seuls sont conservés les clochers qui présentent un intérêt stratégique et peuvent servir de tours de guet. Ces destructions expliquent l’aspect actuel de l’église Saint-Sauveur dont le clocher est le seul témoin du XV^e siècle, le reste de l’édifice ayant été reconstruit au XVIII^e siècle, après un terrible incendie.