À travers ses écrits, on peut distinguer six œuvres principales

•  Les ordonnances ecclésiastiques

Elles définissent l’organisation de l’Église réformée et les rapports entre l’autorité de l’Église et l’autorité civile.

• Épître à Sadolet, 1539

Calvin y affronte l’un des représentants les plus prestigieux de l’Église romaine, qui tente de ramener Genève au sein de l’Église catholique. Calvin, exilé à Strasbourg, y répond en prenant l’ensemble de la chrétienté à témoin. Comme Luther, Calvin oppose la conscience individuelle à l’autorité du magistère. La mission principale de l’homme est la louange du Seigneur et non le salut de l’âme.

• Petit traité de la Cène, 1541

Calvin tente de trouver une solution au différend qui divise les Églises de la Réforme. Pour lui, la présence de Jésus-Christ est réelle dans la Cène, mais c’est une présence spirituelle. La communion engage la foi des fidèles.

• Traité des reliques, 1543

Ce traité recense les reliques vénérées en Europe pour prouver l’absurdité du culte qui s’y attache. À propos des gouttes de lait de la Vierge, trop nombreuses pour être authentiques : « tant il y a que si la Sainte Vierge eût été une vache et qu’elle eût été nourrice toute sa vie, à grand peine en eût-elle pu rendre telle quantité. »

« Au lieu de chercher Jésus-Christ en sa parole, en ses sacrements et en ses grâces spirituelles, le monde, selon sa coutume, s’est amusé à ses robes, chemises et drapeaux. »

• Excuse aux Nicodémites, 1544

Calvin compare les français qui vivent leur foi réformée clandestinement à Nicodème qui est venu voir Jésus de nuit pour ne pas être repéré. (Évangile de Jean, ch. 3). Calvin dénonce cette dissimulation.