À L'exception de celle de Strasbourg qui est encore placée sous régime concordataire, les facultés de théologie protestante sont, en France, des établissements d'enseignement supérieur libres, délivrant leurs propres diplômes. Leur activité principale est la formation aux différents ministères de l'Église, pastorat, diaconie, catéchèse, musicologie. La plupart d'entre elles développent d'importantes activités de recherche et de formation continue, ainsi qu'une réflexion liée aux grands débats contemporains.