Les radios locales, précédemment clandestines ont fait l'objet après 1981 d'autorisations sous forme de dérogations (à l'interdiction d'émettre).
En 1984, la Fédération protestante de Franc a cédé la dérogation qui lui avait été attribuée en 1983 à l'association Fréquence Protestante, en lui donnant mandat d'assurer un service local de radiodiffusion en Ile de France. Ce mandat devait être exercé avec l'accord conjoint des instances régionales de l'Église réformée de France, de l'Église évangélique luthérienne de France et de la Fédération des Églises évangéliques baptistes.
Les Églises et les institutions, œuvres et mouvements, membres de la FPF, devaient être associées aux émissions et à la vie de l'association : c'est ce qui a été fait depuis l'origine.
En alternance avec Radio Notre-Dame, Fréquence Protestante propose des émissions théologiques, bibliques et éthiques ainsi que des émissions culturelles autour de la littérature, de la musique et des arts et des émissions de réflexion politique et scientifique. Elle fait connaître les points de vue du protestantisme sur les grands thèmes de société. À l'écoute de ses auditeurs, elle leur offre des espaces de débat avec des pasteurs.
Le studio d'émission, d'abord installé très à l'étroit au temple de la Rencontre, 17 rue des Petits Hôtels à Paris, est maintenant installé 1 rue Denis Poisson dans les locaux de la Fondation Pasteur Eugène Bersier.
Fréquence Protestante est audible dans un rayon de 60 km autour de la Tour Eiffel. Son audience est évaluée à 100 000 personnes, ce qui en fait la principale radio locale protestante en France. Elle est également accessible par Internet.
