Cette implantation s'accentue nettement à partir de 1545. Devenue place de sûreté, Alès devient un des bastions du protestantisme. Les fidèles occupent pour leur culte la chapelle catholique des Cordeliers, puis celle des Dominicains et l'église Saint-Jean édifiée en 1472. L'Édit d'Amboise (1553) permet aux protestants d'avoir leur propre culte. Ils quittent alors les lieux catholiques.

Il peut contenir de 5 à 6 000 fidèles. Il est éclairé par quinze fenêtres rectangulaires. Sa façade aux trois portes d'entrée est imposante. Une tour à clocher surplombe le bâtiment.

Sur la pierre frontale est apposée une inscription : « mes brebis oyent ma voix, et, je les cognais, elles me suivent et je leur donne la vie éternelle ».

En 1629 Louis XIII assiège la ville et y signe le 16 juin la « paix d'Alais » (ou d'Alès). Richelieu loge à Alès à l'auberge du Coq Hardi.

En 1685 la Révocation ordonne la destruction de l'édifice. Ce n'est qu'à la Révolution que les protestants retrouveront un lieu de culte. En 1792, la chapelle des Pénitents construite en 1707 sur l'ancien temple leur est affectée. Elle sera démolie en 1864-65 pour édifier le temple actuel.