François Hotman fait de brillantes études à l'université de droit d'Orléans.

Il adhère à la Réforme vers 1547. Fuyant les persécutions, il décide de quitter la France. Grâce au soutien de Calvin, il est nommé professeur de belles-lettres à l'Académie de Lausanne, en 1549. En 1555, Hotman est à Strasbourg où il obtient une chaire de droit. En 1588, il reçoit le titre de docteur à Bâle.

De retour en France, il rejoint le roi Antoine de Navarre dont il devient maître des requêtes. Il se partage entre son travail de pamphlétaire, son rôle auprès du roi de Navarre ou du prince de Condé et son enseignement.

En 1572 il se trouve à Bourges, à l'université où l'a appelé la duchesse Marguerite de Savoie, lorsqu'éclatent les massacres de la Saint-Barthélemy auxquels il échappe de justesse. Il s'enfuit alors à Genève et y enseigne le droit romain.

C'est à Genève qu'il publie le De Furoribus gallicis où il dénonce le rôle de la Cour dans les massacres de la Saint-Barthélemy.

Son œuvre majeure est la Francogallia, étude historique sur l'origine des institutions de la France, qui est en fait une réflexion sur ce qu'il appelle la « sédition légitime ». Il préconise une résistance constitutionnelle - de la part des États Généraux - à opposer au roi lorsque son gouvernement s'avère tyrannique. C'est un début de mise en question de l'absolutisme royal, partagée par Théodore de Bèze. À ce titre Hotman fait partie des monarchomaques.

François HOTMAN, La France gauloise (ou Francogallia), chapitre I :
« Il est plus que nécessaire qu'un roi soit retenu en son devoir par la révérence et l'autorité des gens de bien et d'honneur, comme représentant la personne du Peuple, lequel les commet à cela et leur donne cette puissance. »