Ce château est considéré comme le lieu de naissance du protestantisme breton. En 1558 François d'Andelot, frère de l'amiral de Coligny, yconvia toute la haute noblesse bretonne : les Rohan, les Laval, les Rieux, les Parthenay, pour écouter un prêche protestant. Il réussit à intéresser à la Réforme plus de cent familles d'ancienne noblesse qui passèrent au calvinisme.

Parmi les assistants à cette prédication historique se trouvait François de La Noue, dit Bras-de-fer, qui combattit pour la cause de la Réforme jusqu'à sa mort.

Dénoncé ensuite par l'Église catholique, François d'Andelot fut emprisonné à Melun. Il aurait répondu au roi Henri II qui le fit comparaître pour le juger : « Sire, ma vie et mes biens sont tous vôtres, fors ma conscience. »

Le château-fort de La Bretesche, résidence des barons de La Roche-Bernard au Moyen-Âge, fut construit aux XIV^e et XV^e siècles. Détruit à la Révolution, il fut reconstruit au XIX^e siècle.

François d'Andelot-Coligny devint baron de la Roche-Bernard par son mariage avec Claude de Rieux (1547). Il transforma en temple la chapelle Notre-Dame pour y faire célébrer les offices protestants dès 1561. Le pasteur Louveau y prêcha quarante ans, suivi des pasteurs André Le Noir puis Guy Le Noir.

La Roche-Bernard était une des trois places protestantes de Bretagne, avec Blain et Vitré. La ville qui domine la Vilaine et le port fut prise par le duc de Mercoeur en 1689. Celui-ci y fit édifier un fort pour contrôler l'estuaire de la Vilaine.

Dans la rue de la Tour de l'Isle se trouve l'ancien quartier protestant dont les caves et greniers des maisons communiquaient afin de faciliter la discrétion des réunions.

Cette forteresse médiévale, bâtie par Olivier de Clisson au XII^e siècle, agrandie aux XIII^e et XIV^e siècles devint par le mariage de Beatrix de Clisson avec Alain VIII de Rohan lefief de la famille Rohan. Dès la conversion des Rohan au protestantisme, Blain abrita une Église protestante importante.

Catherine de Parthenay, épouse de René de Rohan et grande figure huguenote, y séjourna et y fit certaines transformations. Son fils Henri de Rohan fut le dernier chef du parti huguenot.

Le château fut le siège d'un cénacle littéraire autour de Catherine de Parthenay puis de sa belle-fille, Marguerite de Béthune, fille de Sully.

Le château fut démoli sur ordre de Richelieu en 1628 après le siège de La Rochelle, puis reconstruit.

Au Croisic, François d'Andelot-Coligny installa la Réforme. Au cours d'une manifestation le 17 juin 1558, les huguenots provoquèrent les catholiques et pour cette raison François d'Andelot fut jeté en prison par Henri II.

Près du Croisic, ce château du XIII^e siècle a appartenu à la famille du Bois dit du Boulac, une des premières familles à se convertir au protestantisme en 1558, après le prêche au château de la Bretesche. À la Révocation, la famille restera fidèle au protestantisme et s'exilera en Hollande.

Le château a abrité de nombreux cultes. On visite la « chambre du pasteur » où le pasteur Claude Loiseleur logea dès 1558.

La ville de Nantes devint au XV^e siècle la résidence des Ducs de Bretagne et la capitale de la Bretagne. Elle devait à son port son essor économique.

Nantes est associée, dans la mémoire protestante, à l'Édit de Nantes signé par Henri IV fin avril 1598, au château des Ducs de Bretagne. Cet édit permit pendant près d'un siècle la coexistence en France des protestants et des catholiques.

À partir de cette date, le culte est célébré à Sucé, sur les bords de l'Erdre que les huguenots remontaient en bateau jusqu'au temple en chantant des psaumes. Aujourd'hui la croisière sur l'Erdre permet d'évoquer cette époque et de découvrir sur ses bords le château Renaissance de La Gascherie, ayant appartenu à François de la Noue, dit Bras-de-fer, surnommé le "Bayard huguenot".

Au XVII^e siècle, le quartier huguenot se trouvait au-delà du confluent de l'Erdre, près du quai de la Fosse. Il était désigné comme « la petite Hollande » à cause du grand nombre de ressortissants hollandais venus s'établir dans le plus grand port français de l'époque.

A la Révocation, le port de Nantes servit au départ vers les pays du Refuge de nombreux protestants, parfois cachés dans des barriques.

Mais dans le courant du XVIII^e siècle les hommes d'affaires continuent d'affluer de Hollande et d'Allemagne pour y faire le négoce et la fabrication des tissus imprimés très prisés à l'époque, les « indiennes ». Des cultes sont célébrés chez ces ressortissants étrangers ou dans leur fabrique d'« indiennes ». Les riches négociants s'installent dans les îles de la Loire, en particulier l'île Feydeau où l'on peut admirer de beaux hôtels particuliers du XVIII^e siècle.

Le musée Dobrée permet d'évoquer l'histoire de la famille Dobrée, famille protestante normande exilée à Guernesey dont l'un des descendants revint en France et s'installa à Nantes en 1775. Cette famille, liée au négoce maritime et au développement des chantiers navals, acquit une importante fortune. Thomas Dobrée (1810-1894) devint un collectionneur avisé et, à sa mort, légua son importante collection d'oeuvres d'art et son palais à la ville de Nantes.

Le temple de Nantes, place Edouard Normand, reconstruit après la seconde guerre mondiale, abrite aujourd'hui une communauté vivante.