Guillaume Farel ist in Gap im Dauphiné (Frankreich) als Sohn einer Adelsfamilie geboren. Er studiert in Paris, wo er die Bekanntschaft des humanistischen Gelehrten Lefèvre d'Étaples (auch Faber Stapulensis) macht. Er unterrichtet Grammatik und Philosophie. Er gehört dem von dem Bischof Briçonnet gegründeten Kreis von Meaux an, der die Kirche von innen heraus reformieren will.

1521 bricht er mit dem Katholizismus. Unter dem Einfluss von Zwingli verbreitet er die reformatorische Lehre in Basel, Straßburg, Bern und schließlich in Neuchâtel, wo die Reformation 1530 eingeführt wird.

Der Magistrat von Bern beauftragt Farel daraufhin, die Reformation in der gesamten französischen Schweiz zu verbreiten. Sein Glaubenseifer und das ungestüme Verhalten, das er dabei an den Tag legt, verschaffen ihm viele Feinde.

Auf der Synode von Chanforans (1532) bewegt er die Waldenser dazu, sich der protestantischen Reformation anzuschließen.

Farel trägt wesentlich dazu bei, dass sich Genf 1536 zur Reformation bekennt. Als Calvin in Genf auf der Durchreise ist, bittet er ihn eindringlich, zu bleiben und ihm zu helfen. Dem Stadtrat gehen die von Farel und Calvin vorgeschlagenen Reformen schließlich zu weit : die beiden Reformatoren werden ausgewiesen. Farel geht als erster Pastor nach Neuchâtel, ist daneben aber bis zu seinem Tode auch als Wanderprediger tätig.

Schon 1524 verfasst er die erste Liturgie in französischer Sprache : die Übersicht (Le Sommaire).