Les ordonnances reconnaissent quatre ministères de l'Église.

• les pasteurs : prêchent la parole de Dieu et donnent les sacrements. Par contre, ils n'exercent aucune juridiction civile et doivent prêter le serment civil par lequel ils s'engagent à faire en sorte que le peuple respecte l'autorité de la ville.
• les docteurs : enseignent la sainte doctrine.
• les anciens : veillent aux mœurs des fidèles. Ce sont des laïcs choisis par les conseils de la ville.
• les diacres : veillent sur les pauvres et les malades.

Les ordonnances établissent deux assemblées : la compagnie des pasteurs et le Consistoire.

La compagnie des pasteurs qui se réunit chaque semaine assure la cohérence doctrinale des pasteurs. Elle examine la candidature des nouveaux pasteurs.

Le Consistoire réunit anciens et pasteurs de l'Église de Genève (les laïcs y sont majoritaires). Il traque les « superstitions », c'est-à-dire les relents de catholicisme et dénonce les mœurs scandaleuses.

Genève n'a jamais été une théocratie (soumission totale de l'État à l'Église) et Calvin n'y a jamais été favorable. Il a plutôt dû se défendre contre l'excès inverse, le contrôle de l'État sur l'Église.

De retour à Genève en 1541, Calvin élabore ce texte négocié ensuite avec les conseils de la ville. Il y distingue très nettement le pouvoir ecclésiastique et le pouvoir de la cité. Il ne s'agit pas d'une séparation de l'Église avec l'État avant la lettre, mais d'une complémentarité des tâches.

Le problème de l'excommunication est au centre du débat entre le magistrat (l'autorité civile) et la compagnie des pasteurs. L'excommunication (interdiction de participer à la Cène) est-elle un acte religieux ou un acte civil ?

Calvin défend la première interprétation. Les conseils de la ville veulent garder la prérogative d'excommunier. La compagnie des pasteurs doit lutter pied à pied pour finalement l'emporter.

L'autorité civile intervient également en approuvant la nomination des pasteurs, après cooptation par leurs pairs, et en déposant les pasteurs indignes, sur recommandations de la compagnie des pasteurs.

Le pouvoir du consistoire est limité par la possibilité de recours au magistrat dans de nombreuses instances.