L'adoption de la Réforme par le Conseil Général le 21 mai 1536 et la présence de Calvin ont fait de Genève un cas singulier. Dès les premières persécutions, au XVI^e siècle, Genève attire un flux considérable de réfugiés français.

Lors de la seconde vague d'émigration à la suite de la Révocation de l'édit de Nantes, peu de réfugiés s'installent à Genève. Nombreux sont ceux qui y passent -jusqu'à 350 personnes par jour - qui reçoivent aide et secours, mais au XVIII^e siècle, les réfugiés dans leur ensemble ne restent pas à Genève. Le roi de France Louis XIV a imposé à Genève un Résident de France chargé de contrôler les passages et de limiter le nombre des immigrés.

La situation des cantons helvétiques est assez analogue dans la mesure où ils ont déjà absorbé au cours de la première vague de très nombreux réfugiés, mais aussi où ils ne peuvent accueillir des sujets rebelles au roi de France, avec qui ils sont liés par la « paix perpétuelle » conclue avec François 1^er et renouvelée avec Louis XIV en 1663. Ce traité permet au roi de recruter dans les cantons suisses les soldats dont il a besoin.

Ainsi, au XVIII^e siècle, de nombreux fugitifs ne font que passer à travers la Suisse, qui leur offre une aide immédiate et les oriente vers les États ou les villes libres d'Allemagne qui proposent aux réfugiés des conditions d'accueil très favorables.

Le pays de Vaud accueille un nombre record de réfugiés. Comme à Berlin, au début du XVIII^e siècle, environ le quart de la population de Lausanne est huguenote.

Il existe à Lausanne - et à Genève également - toute une industrie spécialisée dans la réimpression de textes des pasteurs français du siècle précédent.

C'est de là que partent souvent les colporteurs qui introduisent clandestinement en France des Nouveaux Testaments en langue française, des traités religieux ou les écrits des réformateurs. En outre, la ville offre, à travers le Séminaire de Lausanne - créé grâce à Antoine Court en 1729 - une formation théologique aux futurs pasteurs qui se rendront ensuite clandestinement en France.

Depuis Lausanne où il s'est réfugié en 1729, Antoine Court s'emploie à faire reconnaître au Refuge les Églises du Désert. Au synode de 1744, il est nommé, à la suite de Benjamin Du Plan, « député général de l'Église », représentant des Églises du Désert auprès des pays européens.