Le Concordat reconnaît officiellement les deux confessions réformée et luthérienne. Les protestants notables de Paris sont satisfaits de voir les consistoires composés de personnalités brillantes. Des représentants des pasteurs sont convoqués au couronnement de Napoléon qui répondit en termes chaleureux à leur hommage. Du haut des chaires sont annoncées les victoires impériales, auxquelles participent des généraux protestants, Rapp et Walther, ce dernier commandant de la cavalerie de la Garde. Il y avait de nombreux protestants dans la haute administration et dans l'Université.

Les Églises reconstituent leurs communautés, en particulier leur encadrement religieux. À la Faculté de théologie de Strasbourg réservée aux luthériens, à celle de Genève alors intégrée à l'Empire, va s'ajouter pour les réformés la création en 1808 de la Faculté de théologie de Montauban. En 1814, le corps pastoral, affaibli après 1792, se rétablit : 214 postes de pasteurs réformés sont pourvus, presque le double des effectifs de 1802.

Le protestantisme français retrouvait progressivement une respectabilité, bien que la communauté de religion avec l'Angleterre ennemie ait pu entraîner quelque suspicion. En fait, l'opinion publique ne lui portait pas beaucoup d'attention, et certains évoquaient sa fusion prochaine avec l'Église catholique.

Cependant, on remarque fort peu de protestants dans l'entourage immédiat de Napoléon I^er, et les plus connus comme Madame de Staël et Benjamin Constant se révèlent bientôt des opposants.