Le Protestantisme est né au XVI^e siècle d'un mouvement de contestation du pouvoir religieux de l'Église catholique romaine. Ce mouvement réformateur a réussi dans certains États, mais est violemment réprimé dans d'autres. À la fin du XVI^e siècle, après des affrontements parfois violents, la carte religieuse de l'Europe se trouve fixée pour les siècles à venir.

Au XVII^e siècle, les protestants qui vivent sous le régime de l'édit de Nantes font preuve de vitalité sur le plan théologique et intellectuel. Mais Louis XIII, après la paix d'Alès, leur ôte leurs places fortes. Louis XIV entame petit à petit leurs libertés religieuses puis emploie la force armée pour obtenir leur conversion au catholicisme. Par la Révocation de l'édit de Nantes en 1685, le protestantisme est interdit en France.

Malgré l'interdiction de leur religion, les protestants qui ne se sont pas exilés dans les pays du Refuge tentent de conserver leur foi réformée. Cette désobéissance aux édits royaux va jusqu'à la violence, lors de la guerre des Camisards.
La répression s'adoucit à la fin du siècle, et les protestants, reconnus par l'édit de Tolérance, jouent un rôle dans la période révolutionnaire.

Le XIX^e siècle est, pour le protestantisme français, celui d'un intense « Renouveau » dans tous les domaines : effervescence intellectuelle et confrontations théologiques, dynamisme dans les secteurs de la vie civile et sociale.

Le XX^e siècle est marqué par une sécularisation de plus en plus affirmée. L'accentuation du progrès scientifique et technique dans tous les domaines, les transformations des espaces politiques publics, l'élargissement des échanges économiques, la multiplication des interactions sociales en font un siècle où l'exercice de la responsabilité se pose en terme de «désenchantés».
Marqué par deux guerres mondiales, par les guerres de décolonisation, par la guerre froide, par la chute du Mur de Berlin et du communisme, le XX^e siècle a vu se développer un travail œcuménique remarquable, dont la création du Conseil Œcuménique des Églises et le Concile Vatican II sont des étapes essentielles.